JTは1987年より医薬事業に進出しました。「国際的に通用する特色ある研究開発主導型事業の構築」、「オリジナル新薬の開発を通じての存在感の確保」を目指し、「JTの医薬品があってよかった」と世界中の患者様や医療関係者の方々に思っていただけるよう研究開発に取り組んでいます。

自社における研究開発力を充実・強化するために、1993年に自社研究施設「医薬総合研究所」を設立しました。この研究施設を中心として、主に「糖・脂質代謝」「ウイルス」「免疫・炎症」の領域で研究開発を行っています。また、海外での開発機能を整備・強化すべく2000年には、米国ニュージャージー州にある子会社アクロスファーマ社に臨床開発機能を付加し、海外での臨床開発の拠点としています。

JTの医薬事業では、研究開発のスピードの向上と早期上市を目指し、自社における研究開発力の充実・強化を行うとともに、他社との提携を進めてきました。その具体的な成果として、導出については、2004年10月に脂質異常治療薬「JTT-705」についてスイス・ロシュ社と、2005年3月に抗HIV薬「JTK-303」について米国ギリアド・サイエンシズ社とライセンス契約を締結しました。2006年4月に前臨床段階の新規化合物（MEK阻害剤）について英国グラクソ・スミスクライン社と、2006年12月には前臨床段階の抗体医薬候補品（抗ICOS抗体）について米国メディミューン社と、導出に関するライセンス契約を締結するなど、開発の加速を進めています。

一方、導入については、2003年7月に米国ギリアド・サイエンシズ社と抗HIV薬3品の日本における独占的商業化権を取得するライセンス契約を締結し、「ビリアード」については2004年4月から、「エムトリバ」「ツルバダ」については2005年4月からグループ会社の鳥居薬品（株）において販売しており、2007年9月には米国ケリックス・バイオファーマシューティカルズ社とJT・鳥居薬品（株）との間で、高リン血症治療薬について、ライセンス契約を締結しています。さらに、東レ（株）とJT・鳥居薬品（株）との間で、2005年3月に血液透析患者におけるそう痒症を対象に共同開発・販売に関する契約を締結した「レミッチカプセル」については、2009年3月より鳥居薬品（株）が単独販売しております。JTでは、医薬事業が安定的な収益力の柱になるべく努めていきます。